出向の場合における消費税の取扱いは、次のとおりです。
事業者が事業としてほかの者から役務の提供を受けた場合は、課税仕入れに該当しますが、その役務の提供が雇用契約に基づくものであり、その支払った対価が給与所得となる場合には、課税仕入れには該当しません（不課税取引）。
したがって、事業者が使用人を子会社や関連会社に出向させる場合、出向者に対する給与の負担方法には次のようなものがありますが、いずれの方法であっても、給与負担金について課税関係は生じません。
(1) 出向元が給料の全額を支払い、その一部を出向先に請求する方法
(2) 出向先が給料の全額を支払い、その一部を出向元に請求する方法
(3) 出向元と出向先がそれぞれ給料の一部を支払う方法
（国税庁HP＞タックスアンサー＞消費税＞No.6475参照
（税務調査官の着眼点）
会社が経理している「人材派遣料」や「外注費」は、本当は出向社員に対する給与負担金ではないか。本来控除できない消費税の仕入控除をしている可能性を想定し調査を実施する。
調査帳票は、契約書、請求書、労務規定など。
雇用契約の有無がポイントとなる。